A raíz de la obra de Schütz, la ópera italiana se conoció en los países de habla alemana desde el final de la Guerra de los Treinta Años. Pero en 1685 nacieron dos genios que protagonizaron uno de los momentos cumbres de la música instrumental y religiosa: Georg Friederich Haendel y Johann Sebastian Bach, nacido en Eisenach, Turingia y descendiente (y a su vez el antepasado) de una familia en la que se registraron hasta 120 músicos. Fue un niño prodigio, no dudó en viajar a tierras lejanas a pie para escuchar a organistas famosos. A los veinte años ya era un consumado cantor, organista y violinista, trabajando al servicio del príncipe de Weimar y después como organista de Arnstadt.
Con el tiempo, su vida creativa se vió influenciada por su estadía en Coethen y su instalación definitiva en Leipzig, desde 1723 hasta que muere en 1750. Allí ocupó el puesto de Kantor de la iglesia de Santo Tomás. Su respetabilidad cayó en el siglo posterior a su muerte, pero recuperada con honores en el Romanticismo.
J. S. Bach compuso numerosas cantatas sagradas, en total ocho ciclos completos de 58 composiciones. De ellas se conservan 200, y se destacan la Nº 4 Christ lag in Todesbanden y la Nº 80 Ein' feste Burg. También compuso varias cantatas con textos profanos, que llamaba dramas musicales, para las cuales en ocasiones usaba otras obras propias. Algunos ejemplos son la burlesca Cantata de los aldeanos y la Cantata del café. Otras obras corales destacadas son seis motetes (en los que incorpora melodías de corales, como en Jesu meine freunde), un Magníficat para coro a cinco voces y orquesta, y un Oratorio de Navidad, que reúne seis cantatas. Sin embargo, la cima del arte vocal religioso de Bach se encuentra en las Pasiones según San Juan y San Mateo que mantienen el estilo del oratorio, y en su Misa en si menor.
Entre las obras para órgano de J. S. Bach se destacan los preludios y fugas, una de las estructuras musicales características de fines del barroco. También su catálogo cuenta con seis sonatas en trío dedicadas a su hijo Wilhelm Friedemann. Asismismo, compuso unos 170 corales para órgano, algunos de los cuales están en el Pequeño libro para órgano. Con respecto al clave, su obra incluye preludios, fantasías y tocatas, destacando especialmente las dos colecciones de preludios y fugas en cada una de las tonalidades mayores y menores de El clave bien temperado. Son recomendables las tres series de seis suites para clave cada una de las Suites francesas, las Partitas y la Partita en si menor. Otras obras instrumentales renombradas son las Variaciones Goldberg, las Sonatas para violín y para violoncello solos, los Conciertos de Brandenburgo, las suites para orquesta, La ofrenda musical y El arte de la fuga.